Nathalie Bourgeois dirige, depuis sa création, le service pédagogique de la Cinémathèque française, à l'origine de la collection "Atelier Cinéma", co-éditée avec Actes sud junior.
Dans cette collection, elle a écrit "Grand/petit au cinéma", et est également l'auteur d'un DVD pour le jeune public, "Petit à petit, le cinéma" (collection l'Eden Cinéma, Scérén/CNDP).
Elle a aussi composé un film, "Jeunes lumières", à partir de "minutes lumière" tournées par des enfants et des adolescents en 1995, à l'occasion du premier siècle du cinéma (co-production le Cinéma, cent ans de jeunesse/Agat films &cie).