Pierre-Yves Jacopin est né à Neuchâtel. Il a suivi des études universitaires à Lausanne. En 1965, il étudie l'anthropologie sociale à Paris et travaille sous la direction de Claude Lévi-Strauss, puis de Jean Piaget. Il séjourné chez les Indiens Yucuna de l'Amazonie colombienne, puis enseigne au département d'anthropologie de l'Université de Brandeis à Boston. Depuis 1989, il est chargé de cours dans les universités de Genève, Fribourg et Paris.